从实物上看，大曲大，小曲小。大曲成砖样，所以有的人也把大曲叫做砖曲，一般一块砖曲大约2到3公斤，使用时，粉碎，掺进粮食中发酵。相比而言，小曲要小很多，一般是球状，如鹌鹑蛋，或者更大一些，如鸡蛋，一般大。
其次，大曲和小曲在制作原料上是不同的，大曲，是以大麦和小麦以及豌豆为原料，而小曲则是以米粉或者米糠为原料，还添加中草药或者辣蓼粉为辅料，加之少量白土作为填充料。其中大曲可根据制曲的工艺不同，分为高温大曲和中温大曲，而中温大曲，又可分为清茬曲，后火曲和红心曲。当然，除了以工艺为依据区分，也可根据香型进行区分，比如分为：酱香型大曲，浓香型大曲，清香型大曲。
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但无论大曲还是小曲，都是拌好原料后，经过自然微生物发酵而成，这个过程，专业地讲，叫做微生物的富集。成熟的曲药，拌入粮食中发酵的时候，就会将富集的微生物带入，起到酿造的作用。
那么用大曲做的大曲酒和小曲做的小曲酒到底有什么不同？
无所谓好与坏，这是依照个人的口感而定，大曲酒和小曲酒有各自的特点。大曲酒，一般曲香馥郁，口味醇厚，饮后回甜。比如茅台用的就是高温大曲;汾酒用的是中温大曲。而小曲酒，也有自己的特色，那就是酒味醇净，香气优雅，比如桂林三花酒，广西湘山酒，广东长乐烧都是小曲酒中的佳作。
当然，大曲和小曲，也有联合使用的，比如，中国的八大名酒之一的董酒便是大曲和小曲联合使用，用大曲酿制香醅，小曲酿制酒醅，然后在蒸馏的过程中分层放置，串香而成。
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